物語の舞台は自然と文明が調和した都市、『虹顔市』。​
主人公はある日、 『カオスイズム』が施した人体改造により 本当の記憶を失った『仮面ライダー』の存在を知る。

仮面ライダーをサポートする『エージェント』の役割を亡き父から引き継いだ主人公。​
年齢・職業・信念…何もかもがバラバラな、個性溢れる16人の仮面ライダーたちと共に​「定められた運命」を変え、

彼らの記憶を取り戻すための戦いに巻き込まれていく――！​

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